Phân bón hữu cơ vi sinh là loại phân bón có chứa nhiều chủng vi sinh vật sống có ích, đã được tuyển chọn trong phòng thí nghiệm như: VSV phân giải xelluloza, VSV cố định đạm, VSV phân giải lân, có mật độ VSV đạt theo tiêu chuẩn quy định của Bộ NN&PTNT, khi phân được bón vào đất sẽ làm tăng nguồn hữu cơ cho đất, cải tạo đất, làm tăng lượng mùn cho đất, làm cho đất tơi sốp, tạo điều kiện cho hệ sinh vật đất phát triển, góp phần nâng cao năng xuất và chất lượng nông sản phẩm, bảo vệ môi trường sinh thái.
Việc sử dụng phân hoá học không cân đối, thâm canh với cường độ cao mà không chú ý bón bổ sung chất hữu cơ cho đất, về lâu dài có khả năng làm cho đất hoá chua và sẽ sinh ra hiện tượng thiếu hụt, mất cân đối nhất là đối với các nguyên tố vi lượng. Khi độ phì tự nhiên của đất giảm sút thì dù có bón nhiều phân hoá học, năng suất cây trồng cũng như hiệu quả kinh tế của việc sử dụng phân vẫn giảm thấp. Nhiều nghiên cứu cho thấy trong điều kiện có bón phân đạm đầy đủ thì cây trồng vẫn lấy đi từ đất 1/2 đến 2/3 tổng lượng đạm cần thiết cho cây. Chính vì vậy, hướng lâu dài để cải thiện và phục hồi dần cấu trúc đất, tăng cường độ phì nhiêu về mặt dinh dưỡng và sinh học đất, chống chịu các nguồn sâu bệnh từ đất là tăng cường hàm lượng chất hữu cơ trong đất. Các loại phân hữu cơ như phân chuồng, phân xanh, rơm rạ, tàn dư thực vật đóng vai trò quan trọng trong việc phục hồi và nâng cao độ phì nhiêu của đất bị thoái hóa. Khối lượng phân hữu cơ vùi vào đất càng lớn thì độ phì nhiêu của đất được phục hồi càng nhanh.